炎癥性腸病的病因和發(fā)病機制尚未完全明確，已知腸道粘膜免疫系統(tǒng)異常反應(yīng)所導(dǎo)致的炎癥過程在炎癥性腸病發(fā)病中起重要作用，目前認為這是由多因素相互作用所致，主要包括遺傳、感染、環(huán)境和免疫因素。
一、遺傳因素
炎癥性腸病發(fā)病的另一個重要現(xiàn)象是IBD患者一級親屬發(fā)病率顯著高于普通人群，而患者的配偶發(fā)病率不增加。
二、感染因素
微生物在炎癥性腸病發(fā)病中的作用一直受到重視，但至今尚未找到某一特異微生物病原與IBD有恒定關(guān)系。有研究認為副結(jié)核分枝桿菌及麻疹病毒與CD有關(guān)，但證據(jù)尚缺乏說服力。
三、環(huán)境因素
近幾十年來，炎癥性腸病的發(fā)病率持續(xù)增高，這一現(xiàn)象首先出現(xiàn)在社會經(jīng)濟高度發(fā)達的北美、北歐，繼而是西歐、南歐，最近才是日本、南美。這一現(xiàn)象提示環(huán)境因素的變化在IBD發(fā)病中起重要作用。流行病學(xué)研究提出不少與IBD相關(guān)的環(huán)境因素，其中可以肯定的是吸煙與CD惡化有關(guān)，相反對UC可能有保護作用?？磥砗茈y以單一或幾個環(huán)境因素來解釋這一現(xiàn)象。
有一個正在逐漸被接受的假說認為：環(huán)境變得越來越清潔，則兒童期腸道免疫系統(tǒng)接受的外源刺激減弱，由于早年形成的“免疫耐受”不完善，其后對腸道抗原刺激發(fā)生的免疫反應(yīng)的自身調(diào)節(jié)就容易發(fā)生障礙。
四、免疫因素
1、炎癥性腸病免疫反應(yīng)的激活有多種假說
腸道特異性微生物抗原學(xué)說及針對腸上皮細胞的自身免疫學(xué)說尚缺乏證據(jù)。近年比較普遍被接受的學(xué)說認為，IBD患者存在“免疫耐受”缺失，因而對正常腸道抗原(食物或微生物)發(fā)生異常免疫反應(yīng)。正常情況下，腸道粘膜固有層存在低度的慢性炎癥，可能是對腸腔內(nèi)大量抗原性物質(zhì)的適應(yīng)性反應(yīng)。IBD患者由于免疫調(diào)節(jié)障礙，這種免疫反應(yīng)不能被正常抑制，最終導(dǎo)致過度激活和難于自限。
2、炎癥性腸病腸道粘膜的免疫反應(yīng)和炎癥過程的具體途徑
近年的研究對這一途徑的細胞及分子生物學(xué)機制已有了比較深入的了解。根據(jù)對所產(chǎn)生細胞因子類型的研究，已認識到CD是一種典型的Th1型反應(yīng)，而UC則是一種非典型的Th1型反應(yīng)。除免疫細胞外，腸道粘膜的非免疫細胞如上皮細胞、血管內(nèi)皮細胞和間質(zhì)細胞等亦參與免疫反應(yīng)和炎癥過程，他們之間相互作用從而釋放出各種細胞因子及炎癥介質(zhì)導(dǎo)致腸道炎癥的發(fā)生和發(fā)展。在這一過程中還有許多參與炎癥損害的物質(zhì)如反應(yīng)性氧代謝產(chǎn)物、一氧化氮等。
炎癥性腸病病因和發(fā)病機制可概括為：環(huán)境因素作用于遺傳易感者，在腸道菌叢(或者目前尚未明確的特異性微生物)的參與下，啟動了腸道免疫及非免疫系統(tǒng)，最終導(dǎo)致免疫反應(yīng)和炎癥過程，可能由于免疫調(diào)節(jié)紊亂這種免疫炎癥反應(yīng)表現(xiàn)為過度亢進和難于自限。