(一)發(fā)病原因
1.內分泌因素 部分病例雄激素受體和5α-還原酶缺陷，也有發(fā)現(xiàn)在人絨毛膜促性腺激素(human chorionic gonadotropin，HCG)刺激后，尿道下裂患者的雄激素增高反應明顯低于正常對照組人群，提示尿道下裂患者的下丘腦-垂體-性腺軸不正常。
2.環(huán)境因素 有研究發(fā)現(xiàn)在妊娠早期用過黃體酮保胎的新生兒中尿道下裂的發(fā)生率較高，同時有研究表明，尿道下裂患者的雌二醇和雌酮的水平增加，這些研究提示雌性激素有拮抗雄激素作用。
3.染色體異常 在尿道下裂患者中的染色體畸變率較正常人群有明顯增高，其中包括有常染色體畸變及性染色體畸變。
4.基因突變 發(fā)現(xiàn)尿道下裂患者可存在雄激素受體基因，性別決定基因，5α-還原酶基因，抗苗勒管激素基因，CYP21B基因的突變。
(二)發(fā)病機制
胚胎發(fā)育過程中，陰莖腹側尿生殖溝的發(fā)育與融合受垂體與雄激素的影響，如果雄激素缺乏，尿生殖溝兩側皺褶的融合發(fā)生障礙，致使尿道腹側壁缺損，尿道開口于陰莖腹側正常尿道口后方，形成尿道下裂。