薜己《內(nèi)科摘要》中醫(yī)史上第一本以內(nèi)科命名的醫(yī)籍。
《正體類要》記載正骨手法19種及外科方劑等，論述簡明實(shí)用。
1549江氏父子《名醫(yī)類案》載錄了歷代名醫(yī)治案。是中國第一部以疾病種類編纂的大型醫(yī)案專著，不僅對歷代臨床醫(yī)家有指導(dǎo)作用，對醫(yī)案學(xué)發(fā)展亦有重要的意義。
1550沈之問《解圍元藪》早的麻風(fēng)病專書。
1554薜己《癘瘍機(jī)要》麻風(fēng)病專書，有關(guān)辨證論治，方藥及驗(yàn)案介紹。
1556徐春甫《古今醫(yī)統(tǒng)大全》輯錄230余部醫(yī)籍，并將其他文獻(xiàn)中有關(guān)醫(yī)學(xué)內(nèi)容也加入編纂而成。
1564李時(shí)珍《瀕湖脈學(xué)》豐富了中醫(yī)脈學(xué)內(nèi)容
1567 人痘接種法見于記載，之后廣泛流傳，并傳入歐洲多國。
1575李梴《醫(yī)學(xué)入門》醫(yī)學(xué)啟蒙與入門專著，附有醫(yī)德專述。
1578李時(shí)珍《本草綱目》總結(jié)了16世紀(jì)前的中草藥經(jīng)驗(yàn)與知識。
1584吳昆《醫(yī)方考》扼要論述有關(guān)方劑之命名、藥味組成、方義、功效、適應(yīng)證、加減應(yīng)用、禁忌。是明代的方劑學(xué)著作。
1586馬蒔《黃帝內(nèi)經(jīng)素問靈樞注證發(fā)微》將《素問》《靈樞》重新分卷加以注釋，也是《靈樞》的早全注本。
1589方有執(zhí)《傷寒論條辨》將《傷寒論》原文詳加考訂注釋。
1591高濂《遵生八箋》有關(guān)養(yǎng)生保健的論述。
1601楊繼洲《針灸大成》介紹了綜合針灸與藥物治療的經(jīng)驗(yàn)，是明代重要的針灸專書。
1602王肯堂《證治準(zhǔn)繩》包括雜病、類方、傷寒、瘍瘡、幼科、女科共六科診治法則，又稱《六科準(zhǔn)繩》。
1604龔云林《小兒推拿秘旨》總結(jié)了前人有關(guān)小兒按摩療法及成就，并加入作者經(jīng)驗(yàn)。
1615龔延賢《壽世保元》述內(nèi)、外、婦、兒各科病證的診斷及綜合療法。
1617陳實(shí)功《外科正宗》主張對外科疾病調(diào)理脾胃，并對多項(xiàng)手術(shù)及癌腫有精確描述。
1620武之望《濟(jì)陰綱目》以經(jīng)、帶、胎、產(chǎn)諸病分列綱目編撰，便于婦科臨證應(yīng)用。
1622繆希雍《炮炙大法》對學(xué)習(xí)、研究中藥炮制法，及用藥注意事項(xiàng)均有重要參考價(jià)值。
1624張介賓《類經(jīng)》根據(jù)性質(zhì)將《內(nèi)經(jīng)》原文再分類，并予以注解，很有參考價(jià)值。
