乙級聯(lián)賽創(chuàng)建之初(有間斷)采用預賽階段和決賽階段的兩個階段，預賽分成若干賽區(qū)(前期稱組)但出線球隊數(shù)目不定，決賽階段又分成分組賽和決賽，均采用循環(huán)賽賽會制。1965年乙級聯(lián)賽停辦，1978年乙級聯(lián)賽恢復后采用分階段的賽會制雙循環(huán)比賽，僅1983年實行單循環(huán)比賽，1984年乙級聯(lián)賽開始(包括作為次級聯(lián)賽和三級聯(lián)賽的時候)采用預賽階段和決賽階段兩個階段的比賽，除1992年分為兩個小組外都分成四個賽區(qū)，分由四個城市舉辦賽會制的比賽，每個賽區(qū)出線球隊數(shù)目不定，因此決賽階段的球隊數(shù)量也不定，決賽階段采取賽會制，或實行淘汰賽或實行循環(huán)賽不定。1989年乙級聯(lián)賽開始作為第三級聯(lián)賽至今。
半職業(yè)聯(lián)賽時期(1994-2003年)
中國職業(yè)足球聯(lián)賽起步階段的全國足球乙級隊聯(lián)賽尚屬于半職業(yè)聯(lián)賽性質，除職業(yè)足球俱樂部外，各大行業(yè)體協(xié)、機關單位、企業(yè)、學校和俱樂部梯隊都可以參加。
前期采取預賽階段和決賽階段兩個階段的賽制。1995年改為預賽階段、復賽階段和決賽階段三個階段，預賽階段即省市區(qū)的選拔賽，勝者進去大區(qū)復賽;復賽階段初分五個賽區(qū)，1997年改為四個賽區(qū)，復賽實行主客場雙循環(huán)的比賽，賽區(qū)前三名進入決賽階段;決賽階段采用賽會制，分成第一階段小組賽和第二階段淘汰賽(僅1995年是循環(huán)賽)，小組賽分為三個小組，小組前兩名和成績好的兩個小組第三名出線進行每輪兩場淘汰賽，而決賽一場定勝負(1995年時小組賽前兩名出線進行循環(huán)賽)，并一般不設三四名決賽。
1999年的乙級聯(lián)賽分為兩個階段，取消了預賽階段。第一階段是分組賽，3個組分別進行主客場雙循環(huán)的比賽，小組前四名共十二支球隊進入決賽階段。而決賽階段賽制不變。而2000年開始再次分為三個階段。第一階段是分區(qū)預賽，采用主客場雙循環(huán)賽制前三名出線進入第二階段。第二階段是南北賽區(qū)的復賽，各六支球隊出線，第一階段交鋒過的對手不再交鋒第一階段的成績帶入復賽，每個賽區(qū)各四支共八支球隊進入第三階段決賽階段。第三階段決賽階段實行賽會制淘汰賽，依然除了決賽外都每輪實行兩場的淘汰賽。
職業(yè)聯(lián)賽時期(2004-2010年)
2004年，中國各級職業(yè)足球聯(lián)賽進行了改革，中國足球乙級聯(lián)賽正式劃入職業(yè)聯(lián)賽范疇之內，當年共有22支俱樂部報名參賽。2012年是迄今為止中乙聯(lián)賽規(guī)模大的一屆賽事,共有26支俱樂部報名參賽。改革后的中乙聯(lián)賽實行第一階段南北賽區(qū)主客場雙循環(huán)賽制和第二階段總決賽實行淘汰賽賽會制。起初是南北兩個賽區(qū)前四名出線進入總決賽。2007年中國大學生足球聯(lián)賽冠亞軍也被允許參加總決賽的比賽，并且賽區(qū)冠軍直接晉級半決賽，其他六支球隊將和大學生足球聯(lián)賽冠亞軍球隊通過淘汰賽爭奪兩張半決賽的資格。2010年由于參賽球隊較少因此在第一階段分區(qū)賽中采取主客場四循環(huán)的賽制，總決賽階段也不再允許大學生球隊參加，且賽區(qū)冠軍直接進入半決賽，賽區(qū)二三名則爭奪進入半決賽的資格。
業(yè)余聯(lián)賽時期(2011-目前)
受到中國足球大環(huán)境的影響，2010年中乙聯(lián)賽僅有10支球隊報名參加，創(chuàng)造了建立中乙聯(lián)賽以來歷史參賽隊的新低。為了擴大中乙聯(lián)賽的影響力，中國足協(xié)決定，2011年開始中乙聯(lián)賽退出職業(yè)聯(lián)賽系統(tǒng)，除職業(yè)足球俱樂部外，各省、市體育行政單位也可以組隊參賽，中乙聯(lián)賽又重新回到半職業(yè)聯(lián)賽的范疇。
